Home-->Microarray-->Fiber-->Inferior Genotype  

Inferior Genotype

  Expression Data of Fiber Developmental Stages of G. hirsutum Inferior Genotypes
Three of the G. hirsutum genotypes (JKC 703, JKC 737 and JKC 783) with inferior fiber quality were used for the expression profiling of different fiber developmental stages. Total RNA were extracted from these genotypes, biotinylated cRNA were synthesized and hybridized on Affymetrix Cotton Genome array according to manufacturer protocol (Affymetrix).Three biological replicates samples were isolated from each developmental stages from each genotype.  

GEO accession numbers of .cel files with sample details:

 G. hirsutum JKC 703
GSM884248: G. hirsutum JKC 703_0dpa_fiber_rep1
GSM884249: G. hirsutum JKC 703_0dpa_fiber_rep2
GSM884250: G. hirsutum JKC 703_0dpa_fiber_rep3
GSM884251: G. hirsutum JKC 703_6dpa_fiber_rep1
GSM884252: G. hirsutum JKC 703_6dpa_fiber_rep2
GSM884253: G. hirsutum JKC 703_6dpa_fiber_rep3
GSM884254: G. hirsutum JKC 703_9dpa_fiber_rep1
GSM884255: G. hirsutum JKC 703_9dpa_fiber_rep2
GSM884256: G. hirsutum JKC 703_9dpa_fiber_rep3
GSM884257: G. hirsutum JKC 703_12dpa_fiber_rep1
GSM884258: G. hirsutum JKC 703_12dpa_fiber_rep2
GSM884259: G. hirsutum JKC 703_12dpa_fiber_rep3
GSM884260: G. hirsutum JKC 703_19dpa_fiber_rep1
GSM884261: G. hirsutum JKC 703_19dpa_fiber_rep2
GSM884262: G. hirsutum JKC 703_19dpa_fiber_rep3
GSM884263: G. hirsutum JKC 703_25dpa_fiber_rep1
GSM884264: G. hirsutum JKC 703_25dpa_fiber_rep2
GSM884265: G. hirsutum JKC 703_25dpa_fiber_rep3

 
G. hirsutum JKC 737
GSM884301: G. hirsutum JKC 737_0dpa_fiber_rep1
GSM884302: G. hirsutum JKC 737_0dpa_fiber_rep2
GSM884303: G. hirsutum JKC 737_0dpa_fiber_rep3
GSM884304: G. hirsutum JKC 737_6dpa_fiber_rep1
GSM884305: G. hirsutum JKC 737_6dpa_fiber_rep2
GSM884306: G. hirsutum JKC 737_6dpa_fiber_rep3
GSM884307: G. hirsutum JKC 737_9dpa_fiber_rep1
GSM884308: G. hirsutum JKC 737_9dpa_fiber_rep2
GSM884309: G. hirsutum JKC 737_9dpa_fiber_rep3
GSM884310: G. hirsutum JKC 737_12dpa_fiber_rep1
GSM884311: G. hirsutum JKC 737_12dpa_fiber_rep2
GSM884312: G. hirsutum JKC 737_12dpa_fiber_rep3
GSM884313: G. hirsutum JKC 737_19dpa_fiber_rep1
GSM884314: G. hirsutum JKC 737_19dpa_fiber_rep2
GSM884315: G. hirsutum JKC 737_19dpa_fiber_rep3
GSM884316: G. hirsutum JKC 737_25dpa_fiber_rep1
GSM884317: G. hirsutum JKC 737_25dpa_fiber_rep2
GSM884318: G. hirsutum JKC 737_25dpa_fiber_rep3

G. hirsutum JKC 783
GSM884284: G. hirsutum JKC 783_0dpa_fiber_rep1
GSM884285: G. hirsutum JKC 783_0dpa_fiber_rep2
GSM884286: G. hirsutum JKC 783_0dpa_fiber_rep3
GSM884287: G. hirsutum JKC 783_6dpa_fiber_rep1
GSM884288: G. hirsutum JKC 783_6dpa_fiber_rep2
GSM884289: G. hirsutum JKC 783_6dpa_fiber_rep3
GSM884290: G. hirsutum JKC 783_9dpa_fiber_rep1
GSM884291: G. hirsutum JKC 783_9dpa_fiber_rep2
GSM884292: G. hirsutum JKC 783_9dpa_fiber_rep3
GSM884293: G. hirsutum JKC 783_12dpa_fiber_rep1
GSM884294: G. hirsutum JKC 783_12dpa_fiber_rep2
GSM884295: G. hirsutum JKC 783_12dpa_fiber_rep3
GSM884296: G. hirsutum JKC 783_19dpa_fiber_rep1
GSM884297: G. hirsutum JKC 783_19dpa_fiber_rep2
GSM884298: G. hirsutum JKC 783_19dpa_fiber_rep3
GSM884299: G. hirsutum JKC 783_25dpa_fiber_rep1
GSM884300: G. hirsutum JKC 783_25dpa_fiber_rep2